L'histoire est centrée sur Light Yagami (Raito Yagami dans la version originale), un lycéen qui découvre un cahier aux pouvoirs surnaturels, le « Death Note ». Ancienne propriété d'un dieu de la mort, le Death Note permet à son utilisateur de tuer toute personne dont il connaît le nom et le visage. Le scénario suit les efforts de Light pour créer un monde utopique débarrassé du mal grâce au Death Note, ainsi que les conflits entre lui et ses opposants.