Les diclonius sont des humains mutants possédant des cornes desquelles ils tirent un pouvoir télékinétique représenté par des vecteurs (des bras fantômes s'étirant depuis leur épine dorsale, munis d'une force dévastatrice). En raison de cela ils sont maintenus en captivité dans un laboratoire de haute sécurité pour y être étudiés. Lucy, une diclonius, arrive à s'échapper du laboratoire en massacrant les gardes avant d'être touchée à la tête par un sniper, ce qui la précipite dans l'océan. Le lendemain elle se réveille sur une plage et est secourue par un jeune garçon nommé Kôta et sa cousine Yuka, cependant elle à perdu la mémoire. Kôta et Yuka lui donnent un nom : Nyu (le seul mot qu'elle semble capable de prononcer), et décident de l'héberger chez Kôta. Mais suite à l'évasion de Lucy/Nyu au laboratoire, l'Unité d'Assaut Spécial a reçu l'ordre de l'éliminer.