Comme toutes les sorcières qui atteignent l'âge de 13 ans, Kiki doit quitter ses parents et s'établir pendant un an dans une autre ville, en exerçant un métier lié à son état de sorcière. Dans la ville de Koriko, Kiki, accompagnée de son chat noir Jiji, va commencer une activité de livraison de colis en volant sur son balai. Un jeune garçon, Tombo qui admire ses talents va se lier d'amitié avec elle, même si au départ elle ne semble pas très chaleureuse à son égard.