Shrek, un ogre verdâtre, cynique et malicieux, a élu domicile dans un marécage qu'il croit être un havre de paix. Un matin, alors qu'il sort faire sa toilette, il découvre de petites créatures agaçantes qui errent dans son marais.
Shrek se rend alors au château du seigneur Lord Farquaad, qui aurait soit-disant expulsé ces êtres de son royaume. Ce dernier souhaite épouser la princesse Fiona, mais celle-ci est retenue prisonnière par un abominable dragon.
Il lui faut un chevalier assez brave pour secourir la belle. Shrek accepte d'accomplir cette mission. En échange, le seigneur devra débarrasser son marécage de ces créatures envahissantes.
Or, la princesse Fiona cache un secret terrifiant qui va entraîner Shrek et son compagnon l'âne dans une palpitante et périlleuse aventure.